Οι ενδονουκλεάσες είναι ένζυμα που σπάνε DNA σε μικρότερα θραύσματα με διάσπαση του φωσφοδιεστερικού δεσμού μέσα σε μια πολυνουκλεοτιδική αλυσίδα. Ας δούμε μερικά από τα παραδείγματά του.
- Ενδονουκλεάση RecBCD
- Τ7 ενδονουκλεάση
- Τ4 ενδονουκλεάση II
- Bal 31 ενδονουκλεάση
- Ενδονουκλεάση Ι
- Μικροκοκκική νουκλεάση
- Ενδονουκλεάση II
- S1 νουκλεάση
- Ρ1-νουκλεάση
- Νουκλεάση Mung φασόλι I
- Ένζυμο DNase I (P00639)
- Ενδονουκλεάση ΑΡ
- BamHI
- EcoRI
- EcoRV
- HindIII
- HaeIII
Ενδονουκλεάση RecBCD
RecBCD η ενδονουκλεάση είναι παράγεται σε Ε. coli κύτταρο. Είναι εν μέρει εξαρτώμενο από το ATP και λειτουργεί στον ανασυνδυασμό και την επισκευή. Το ένζυμο RecBCD εκτελεί την διπλοί ρόλοι μιας νουκλεάσης και μιας ελικάσης, που ξεφουσκώνει ή διαχωρίζει τους κλώνους του DNA και δημιουργεί μονόκλωνες εγκοπές στο DNA.
Ενδονουκλεάση Τ7 (P00641)
Φάγος Τ7 (γονίδιο 3) είναι η πηγή του Ένζυμο Τ7 ενδονουκλεάσης. Αντιγραφή απαιτεί DNA με τάση για μονόκλωνο πάνω από τους διπλούς κλώνους. Ένα ένζυμο που συνδέεται ιδιαίτερα με και διασπά τετράπλευρες (Holliday) διασταυρώσεις DNA μετά την ιική γονιδιωματική αντιγραφή για την επίλυση των συνδέσεων.
Τ4 ενδονουκλεάση II (P07059)
Φάγος Τ4 (denA) είναι η πηγή του Τ4 ενδονουκλεάση II. Τα ολιγονουκλεοτίδια με άκρο 5'-dCMP που παράγονται από αυτό το ένζυμο διαχωρίζονται από την -TpC- αλληλουχία. το μήκος της αλυσίδας του προϊόντος ποικίλλει ανάλογα με την κατάσταση. Βοηθήματα στο αποικοδόμηση του DNA του ξενιστή, επιτρέποντας τη δημιουργία DNA φάγου με σάρωση νουκλεοτιδίων από τον ξενιστή.
Bal 31 ενδονουκλεάση
P. epejiana είναι η πηγή του Bal 31 ενδονουκλεάση . Επιπλέον, τα άκρα 3' και 5' του διπλού DNA αλλοιώνονται από αυτή την ενδονουκλεάση. Τουλάχιστον δύο νουκλεάσες, σε συνδυασμό με γρήγορα και αργά ένζυμα.
Ενδονουκλεάση I (endo I, P25736)
Ε. coli (τέλος Α) είναι η πηγή του Ενδονουκλεάση Ι. Οι μεταλλάξεις Endo I συνεχίζουν να αναπτύσσονται σωστά παρά το γεγονός ότι βρίσκονται στο περίπλασμα, παρουσιάζοντας μέσο μήκος αλυσίδας επτά, θα αναστέλλονταν από tRNA, προκαλώντας δίκλωνα προσαγωγά DNA, και δημιουργώντας εγκοπές όταν συμπλέκονται με tRNA.
Μικροκοκκική νουκλεάση (P00644)
Σταφυλόκοκκος είναι η πηγή του Μικροκοκκική νουκλεάση. Δημιουργεί άκρα 3'-P, ευνοεί το μονόκλωνο DNA και τις πλούσιες σε ΑΤ περιοχές, απαιτεί ασβέστιο και επηρεάζει RNA. Ένα ένζυμο που αποσυνθέτει τους 5' φωσφοδιεστερικούς δεσμούς τόσο στο DNA όσο και στο RNA.
Ενδονουκλεάση II (endo VI, exo III, P09030)
Coli (xthA) είναι η πηγή της Ενδονουκλεάσης II. Κοντά στο σημείο της διάσπασης υπάρχει επίσης α 3'–>5' εξωνουκλεάση, και τα άκρα 3'-P έχουν φωσφομονοεστεράση. Η κύρια RE σε Ε. coli είναι η απουρινική-απυριμιδινική ενδονουκλεάση.
S1 νουκλεάση (P24021)
Aspergillus oryzae είναι η πηγή. Το RNA επηρεάζεται επίσης. Αποικοδομεί μόνο μονόκλωνο DNA και RNA. καμία εμφανής προτίμηση για βάσεις. Τα τελικά προϊόντα της ενδονουκλεολυτικής διάσπασης είναι 5'-φωσφομονονουκλεοτίδιο και 5'-φωσφοολιγονουκλεοτίδιο.
Ρ1-νουκλεάση (P24289)
Penicillium citrinum είναι η πηγή. Το RNA επηρεάζεται επίσης. Αποικοδομεί μόνο μονόκλωνο DNA και RNA. καμία εμφανής προτίμηση για βάσεις. Τα τελικά προϊόντα που παράγονται με ενδονουκλεολυτική διάσπαση περιλαμβάνουν 5'-φωσφομονονουκλεοτίδιο και 5'-φωσφοολιγονουκλεοτίδιο.
Νουκλεάση Mung φασόλι I
Τα λάχανα φασολιών είναι η πηγή. Το RNA επηρεάζεται επίσης. Ωστόσο, το δίκλωνο DNA, τα υβρίδια DNA/RNA ή το δίκλωνο RNA δεν διασπώνται από το ένζυμο. Μόνο αυτό παράγει 5'-μονοφωσφορικά νουκλεοσίδια όταν το μονόκλωνο DNA ή RNA διασπάται.
Ένζυμο DNase I (P00639)
Βόειο πάγκρεας είναι η πηγή. Το προϊόν έχει κατά μέσο όρο αλυσίδα τεσσάρων συνδέσμων και Mn2+ οδηγεί σε σπάσιμο διπλού κλώνου. Ενδονουκλεάση ορού παράγεται από πολλές εξωκρινές και τα ενδοκρινικά όργανα και βρίσκεται στα σωματικά υγρά.
Ενδονουκλεάση ΑΡ
Πυρήνας και μιτοχόνδρια είναι οι πηγές. Περιλαμβάνει το μονοπάτι επιδιόρθωσης εκτομής βάσης DNA. Το DNA-BER χρησιμοποιεί το ένζυμο AP ενδονουκλεάση (οδός επιδιόρθωσης εκτομής βάσης).
ΜπαμHI
ΜπαμΗΙ, μια περιοριστική ενδονουκλεάση τύπου II που παράγεται από Bacillus amyloliquefaciens, μπορεί να ανιχνεύσει σύντομες (6 bp) αλληλουχίες DNA και κόψτε τα ακριβώς σε μια θέση στόχο.
EcoRI
EcoRI είναι ένα ένζυμο περιοριστικής ενδονουκλεάσης που αποτελεί στοιχείο του συστήματος τροποποίησης περιορισμών και διασπά τις διπλές έλικες του DNA σε θραύσματα σε ορισμένες τοποθεσίες.
EcoRV
EcoRV είναι μια περιοριστική ενδονουκλεάση τύπου II που πάει με το όνομα Eco32I. Είναι ένα ευρέως χρησιμοποιούμενο ένζυμο περιορισμού στη μοριακή βιολογία.
HindIII
Το ένζυμο περιορισμού δεοξυριβονουκλεάσης ειδικής θέσης Haemophilus influenzae τύπου II υδρολύει τον συμπαράγοντα Mg2+ για να σπάσει την παλινδρομική αλληλουχία του DNA, AAGCTT.
ΧεΙΙΙ
ΧεΤο III είναι μια ενδονουκλεάσες που προστατεύει τους οργανισμούς από μη αναγνωρισμένο, εξωτερικό DNA. Χρησιμοποιείται σε εργαστήρια μοριακής βιολογίας. Ήταν η τρίτη ενδονουκλεάση που ανακαλύφθηκε στα βακτήρια Haemophilus aegyptius.
Συμπέρασμα
Τα ένζυμα που ονομάζονται ενδονουκλεάσες διασπούν τον φωσφοδιεστερικό δεσμό που βρίσκεται στις πολυνουκλεοτιδικές αλυσίδες. Ενώ πολλά ένζυμα κοπής DNA διασπώνται σε εξαιρετικά συγκεκριμένες αλληλουχίες νουκλεοτιδίων, άλλα, όπως η δεοξυριβονουκλεάση Ι, διασπούν το DNA κάπως τυχαία (χωρίς να λαμβάνεται υπόψη η αλληλουχία).
